Аято Камина потерял связь с девушкой, которую любил, — Харукой Рэйка Мисима, — когда произошло событие, унёсшее, как считалось, жизни всех, кто оказался за пределами Токио. Но спустя три года на город внезапно напали захватчики. Именно тогда Аято встречает агента организации TERRA, Харуку Сито, которая обещает открыть ему правду об окружающем мире. Так начинается череда странных событий: он активирует гигантского робота Ра-Зефон и узнаёт, что у многих людей, включая его собственную мать, голубая кровь, а сам он всё это время жил в замкнутом измерении, где время течёт медленнее, чем во внешнем мире.