На этот раз действие разворачивается в море у острова Хатидзё-дзима, Токио. Инженеры со всего мира собрались для полномасштабного запуска в эксплуатацию "Pacific Buoy" — морского объекта, предназначенного для объединения камер видеонаблюдения, принадлежащих полицейским силам разных стран мира. Там же проходит испытание некой "новой технологии", основанной на системе распознавания лиц. Тем временем Конан Эдогава и Детективное агентство малышей приезжают на Хатидзё-дзима по приглашению Соноко Сузуки и получают звонок от Субару Окия, который сообщает им, что в Германии сотрудник Европола был убит Джином из Чёрной организации. Встревоженный Конан прокрадывается на объект и обнаруживает, что женщина-инженер похищена Чёрной организацией...! Более того, USB-накопитель с определённой информацией, находившийся у неё, оказывается в руках организации... Чёрная тень также подбирается к Ай Хайбаре...