Пятнадцать лет назад в безлюдных водах Тихого океана круизное судно столкнулось с айсбергом и затонуло. Спустя более десяти лет судовой инженер Хидэто Яширо погиб в автомобильной катастрофе. Неожиданная связь между этими событиями всплывает на поверхность во время первого рейса роскошного лайнера «Сент-Афродита». Отправившись на давно заслуженный отдых, Когоро Мори, его дочь Ран Мори, Конан Эдогава и Детективное трио с удовольствием проводят время в путешествии, организованном семьёй Соноко Сузуки. Однако веселье длится недолго: во время игры в прятки Соноко бесследно исчезает. Немного позже президента компании «Яширо», построившей «Сент-Афродиту», находят зарезанной, а её отец пропадает без вести. Полицейское расследование заходит в тупик, но Конан всё ближе подбирается к преступнику. Не желая быть схваченным, злоумышленник угрожает взорвать «Сент-Афродиту» и отправить всех пассажиров на дно. Пока трюмы корабля стремительно заполняются водой, наконец раскрывается правда о мстительных убийствах. Не имея возможности бежать, Конан и Когоро вынуждены схватиться с неуловимым преступником, прежде чем всех находящихся на борту утянет на морское дно.